幻想郷の異変解決から2ヵ月後。
あれから何もないように人間や妖怪達は生活していた。
そこへ、外の世界から少女が二人やってきた。
彼女達の名前は宇佐見蓮子とマエリベリー・ハーンという。
オカルトサークル「秘封倶楽部」に所属している。
彼女達は、論文のアイデアを発想するために各地を周っていく。